亞洲準譯APG

病原基因定序技術

Pathogen Gene Sequencing Technology

亞洲準譯智能病原分析系統

APG Pathogen Analysis System, APGPAS

亞洲準譯病原基因體資料庫

APG Pathogen Database, APGDB

在地化病原資料庫

其獨特之處在於亞洲準譯有建立在地化台灣病原資料。APGPAS 及 APGDB 以生物學的生物多樣性來看,每個區域因地理、氣候等環境因素,各有孕育出屬於該區域獨有的生物物種。而微生物也是如此,會因上述條件在各個區域的盛行度及衍生特有物種也會有區分。而台灣又是個海島型國家,因此以演化角度來看在台灣的微生物基因也會有所不同。因此僅利用國外已有的病原資料庫,並不能滿足比對分析台灣病原物種的需求,分析出來的結果也會有失精準度。亞洲準譯了解了此特點,建立台灣獨有的在地病原資料庫。

20,000+

資料來源與建置方式

APGPAS 及 APGDB 建置方式的資料來源還是來自各國權威性的基因公用資料庫,如 NCBI、PATRIC、EupathDB、FDA-ARGOS 等,篩選跟微生物物種列表及去掉不符資料。並再依地緣性進行二次篩選,選擇跟東北亞、東南亞至台灣區域相關物種,並去掉不會造成人類感染的微生物物種,最終建立符合台灣地緣生態的病原微生物資料庫。如今亞洲準譯病原資料庫共收錄兩萬以上跨物種病原體基因(細菌 17,800+ 種、真菌 3,000+ 種、病毒 5,500+ 種、寄生蟲 700+ 種)。

21%

提高檢出率

如前面所敘,由於本檢測服務是專注於分析微生物基因,而人類相關基因皆需要在分析前排除,而這會需要與人類宿主基因資料庫做比對去除。其中亞洲準譯也發現到過往各國所使用的人類宿主基因資料庫皆是以外國高加索人的基因占多數,因此在比對亞洲人,特別是台灣人進行去除,會產生非常多的雜訊進而影響後續分析結過。因此亞洲準譯在此環節特別篩選及使用與台灣人相關的人類基因資料來提高檢出效能。

再來,亞洲準譯也透過與台灣各大醫學會及超過十家以上的醫學中心,執行在地感染病原基因定序檢測的臨床試驗,來累積大量數據;優化建立的病原基因資料庫,讓感染病原基因定序檢測更在地化符合台灣生態,提升檢測精準度及檢出率。而使用亞洲準譯所建置的 APGDB,近期研究對比目前高敏感度的 PCR 或相同技術但僅使用公用資料庫沒在地化的檢測相比。在某些特定的病原物種,如肺囊蟲肺炎 (PJP) 的檢出率,本產品可提升 19~21%,約兩成的檢出率。

產品開發階段

Product Development Stage

目前已投入市場的百微解APGseq 感染病原基因定序檢測,除證實可滿足現行常規檢驗不足之處,並且持續營利外,另有以下幾項產品正在開發中...

目前已投入市場的百微解APGseq 感染病原基因定序檢測,除證實可滿足現行常規檢驗不足之處,並且持續營利外,另有以下幾項產品正在開發中...

個體化在地病原基因體資料庫

除了已經建立的台灣亞洲準譯在地化病原資料庫(APGDB)外,為了能與國際接軌,採用最新的病原資料,並每年定期與歐、美、日等大型資料庫進行比對,就新有物種進行分析與評估,確保病原體資料庫能符合最新的感染流行病學現況。另外,考慮地緣與生物的演化多樣性,亞洲準譯亦同時進行多項在地臨床試驗與研究,以大量的臨床數據分析後,找出最具代表性的在地物種,以確保檢出率不受地域別影響,此方式亦適用於未來業務推展至其他國家時使用。

定序儀與對應試劑優化

考慮到目前各國定序需求的多樣性,針對不同定序儀與特定病原定序試劑,針對不同市場區別的臨床客戶,亞洲準譯也準備開發低單價的病原檢驗服務以符合更多的臨床需求。為此,我們規劃了開發不同產品增加兼容性及未來擴充性,供未來國外廠商使用。

未來亞洲準譯將會包裹以上檢驗項目,將目前已經建立的整套流程,包含硬體到軟體,從實驗室設計施工、設備規劃、人力配置、醫院檢體採集方法、實驗流程、資料庫設定、分析演算法的提供到報告醫學諮詢,以整廠輸出的方式的商業模式將此服務提供至國外醫療系統,以期能進軍世界。

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