亞洲準譯

FAQ

Frequently Asked Questions

  • 任何技術都會涉及真陰性和偽陰性的問題。NGS 偽陰性的問題與檢測靈敏度密切相關。培養是活菌培養技術,一個或很少的活菌量就可能在培養基上生長。NGS 檢測的是核酸片段,臨床檢體的複雜性以及很多病原體在體內含量極低,以及用藥後採檢等,會導致限定資料量中目標病原資訊太少而產生陰性的結果。
  • 未來隨著定序費用的不斷降低,在臨床可接受範圍內,可藉由擴大 NGS 的資料量等其他手段來提高靈敏度。
  • 在現階段,NGS 與培養等傳統技術之間需要互相補充,共同解決臨床問題。
  • 核酸最低檢測限是 10^2 ~10^3copies/mL,特異性大於 99.5%。
  • 臨床對病原檢測的需求既包括菌種鑑定又需要抗藥性資訊。而 mNGS技術著重的是感染病原體的檢出,目前較難同時完成對抗藥基因和毒力基因的分析。
  • 原因有二:一是成本問題,如需要測到抗藥性資訊,則需要加大定序數據量到現在的數倍以上,而成本也會相應增加,臨床更加難以負擔;二是mNGS定序技術本身的技術難點,比如人源核酸的有效去除,微生物核酸的擴增等技術,有待優化。目前針對抗藥性分析使用的是純培養物,採用全基因體定序(WGS)。未來隨著技術本身的進步以及定序成本的下降,有希望提供抗藥基因等資訊。
  • 如果沒有檢測出明確致病微生物,說明本次檢體中致病微生物的核酸低於檢測限或不存在或治療有效,需要臨床醫師結合其它臨床診斷結果和症狀做綜合判斷。
  • 多個病原檢出主要由於以下幾大原因:

    1.mNGS演算法存在一對多的系統誤差,這是物種的同源性以及生物資訊分析軟體的系統分類誤差。隨著生物資訊分析軟體和資料庫的不斷更新,這部分誤差會不斷減小;

    2.複雜感染本身的多病原共同感染;

    3.原發感染與繼發感染的多病原感染;

    4.呼吸道分泌物,腸道分泌物開放體系本身的微生物多樣性;培養法、質譜法、multiplex PCR 同樣會有這些問題,需要臨床微生物專家與感染科醫師共同來解決。因此,致病病原的最終判斷需要臨床醫師綜合判斷。

  • Reads指的是配對到該病原體的序列數目

    • Reads數的多少與檢體中病原體含量多少、病原基因體大小、檢體中核酸提取量、及檢體中人源序列比例有關。
    • 不同的病原體,具有不同的reads數閾值,單個病原體個別分析就很重要。
    • Reads高不一定意味著致病,reads數低不一定意味著不致病。
    • 結合Reads數目、病原體排序,結合臨床表徵,才能提供全面的判讀結果。
  • 病原基因大小:寄生蟲>真菌>細菌>病毒
  • 檢體中核酸提取效率:病毒>革蘭氏陰性菌>革蘭氏陽性菌>真菌、結核菌
  • 人源序列比例:組織>痰液>血漿>肺泡灌洗液>腦脊液

以下為手機版面

FAQ

Frequently Asked Questions

  • 任何技術都會涉及真陰性和偽陰性的問題。NGS 偽陰性的問題與檢測靈敏度密切相關。培養是活菌培養技術,一個或很少的活菌量就可能在培養基上生長。NGS 檢測的是核酸片段,臨床檢體的複雜性以及很多病原體在體內含量極低,以及用藥後採檢等,都會導致限定資料量中目標病原資訊太少而丟失,而產生陰性的結果。
  • 未來隨著定序費用的不斷降低,在臨床可接受範圍內,可藉由擴大 NGS 的資料量等其他手段來提高靈敏度。
  • 在現階段,NGS 與培養等傳統技術之間需要互相補充,共同解決臨床問題。
  • 核酸最低檢測限是 10^2 ~10^3copies/mL,特異性大於 99.5%。
  • 臨床對病原檢測的需求既包括菌種鑑定又需要抗藥性資訊。而 mNGS技術著重的是感染病原體的檢出,目前較難同時完成對抗藥基因和毒力基因的分析。
  • 原因有二:一是成本問題,如需要測到抗藥性資訊,則需要加大定序數據量到現在的數倍以上,而成本也會相應增加,臨床更加難以負擔;二是mNGS定序技術本身的技術難點,比如人源核酸的有效去除,微生物核酸的擴增等技術,有待優化。目前針對抗藥性分析使用的是純培養物,採用全基因體定序(WGS)。未來隨著技術本身的進步以及定序成本的下降,有希望提供抗藥基因等資訊。
  • 如果沒有檢測出明確致病微生物,說明本次檢體中致病微生物的核酸低於檢測限或不存在或治療有效,需要臨床醫師結合其它臨床診斷結果和症狀做綜合判斷。
  • 多個病原檢出主要由於以下幾大原因:

    1.mNGS演算法存在一對多的系統誤差,這是物種的同源性以及生物資訊分析軟體的系統分類誤差。隨著生物資訊分析軟體和資料庫的不斷更新,這部分誤差會不斷減小;

    2.複雜感染本身的多病原共同感染;

    3.原發感染與繼發感染的多病原感染;

    4.呼吸道分泌物,腸道分泌物開放體系本身的微生物多樣性;培養法、質譜法、multiplex PCR 同樣會有這些問題,需要臨床微生物專家與感染科醫師共同來解決。因此,致病病原的最終判斷需要臨床醫師綜合判斷。

  • Reads指的是配對到該病原體的序列數目

    • Reads數的多少與檢體中病原體含量多少、病原基因體大小、檢體中核酸提取量、及檢體中人源序列比例有關。
    • 不同的病原體,具有不同的reads數閾值,單個病原體個別分析就很重要。
    • Reads高不一定意味著致病,reads數低不一定意味著不致病。
    • 結合Reads數目、病原體排序,結合臨床表徵,才能提供全面的判讀結果。
  • 病原基因大小:寄生蟲>真菌>細菌>病毒
  • 檢體中核酸提取效率:病毒>革蘭氏陰性菌>革蘭氏陽性菌>真菌、結核菌
  • 人源序列比例:組織>痰液>血漿>肺泡灌洗液>腦脊液